O roteiro do filme foi fruto de 5 anos de trabalho dos irmãos Wachowki e é um liquidificador de citações. Há desde ícones de cultura pop, até referências cristã-budistas. O herói messiânico é inspirado na parábola bíblica de O Exterminador do Futuro, a revelação de sua verdadeira existência remete a Blade Runner. Já a pasagem de um mundo para outro saiu de Alice no País das Maravilhas e o Mágico de Oz, o visual toma emprestado os traços do desenho japonês Akira ne a idéia central foi extraída do livro Neuroromancer de William Gibson. os vilões tem como modelo os agentes de Homens de Preto, uma das cenas é uma homenagem a Alien e a trama investigada tem algo de Arquivo X.