O Governo Geral era um governo centralizado, implantado por Portugal na Colônia com o objetivo de auxiliar e defender as Capitanias.
Como sede do Governo Geral, escolheu-se a Capitania da Bahia, resgatada pelo rei de Portugal do filho de Francisco Pereira Coutinho, o primeiro donatário.
Essa escolha deveu-se a interesses administrativos, pois a Capitania da Bahia localizava-se num ponto médio do litoral, o que facilitava a comunicação com as demais capitanias.
O governo geral tinha, portanto, o objetivo de coordenar a ação dos donatários e não extinguir o sistema de Capitanias existentes.